配种3天到30天这段时间是胚胎迁移、着床的时间，为母猪生理上不稳定期，这段时间转移母猪可能会导致自发流产或窝产仔数降低。如果配种后母猪需要转移，则要么在最后一次输精4小时后，40小时内转移，要么在最后一次输精30天后转移。即使是群养母猪，在怀孕早期建议使用限位栏，实际上，动物福利要求严格的欧盟都允许在配种后四周内使用母猪限位栏。

仔猪受凉通常见于较冷冬季的头几个月，受影响的仔猪多为日龄小、体质虚弱、移动慢的猪，它们往往会挤成一团，且通常靠近母猪的乳房部位。触摸该仔猪能感觉到其身体发冷，同时产仔栏地板冰冷、潮湿。受影响的猪可能会侧身躺下，并逐渐迟钝、昏迷和死亡。为避免仔猪受寒，产仔区应提供充足的设备维护，不使用门、窗帘、窗户通风，同时产仔栏要有适合仔猪睡觉的区域，要有有效的加热灯，地板应保持干燥。产房管理必须能提供充足的加热条件，室内温度应维持在20℃，且保持生活环境明亮。仔猪生活区至少加热至35℃，以便为其提供安全而温暖的空间，使其在睡觉时远离母猪。

与人不同，怀孕母猪无法通过胎盘来将保护性物质输送给仔猪。因此，仔猪一生下来，就需要吸食足够母猪初乳，摄入其所含的抗体。如果初乳摄取不足，则生病的仔猪会增多，这些仔猪看起来发冷、颤抖、呼吸不正常，仔猪不乐意吃食，挤成一团并可能死亡。产仔区管理需要足够的员工，以帮助仔猪能够吸食到初乳，包括那些在夜间出生的仔猪。

如果种猪没有完善的保健方案和免疫计划，新生仔猪经常会发生病毒性腹泻和细菌性下痢(仔猪腹泻)。腹泻与下痢通常能在产仔房的窝与窝之间传播，受感染仔猪通常介于1-7日龄之间，会出现水样、黄白色稀便，似膏状物从仔猪肛门喷射而出。仔猪细菌性下痢可通过口服抗生素加以治疗，而病毒性腹泻则需采取综合防控措施（据某些猪场实践，使用广东广牧痢得宁灌服仔猪取得了很好的防控和治疗效果），并注意给予水及电解质以补充体液。

新生仔猪可出现多种先天性出生缺陷，在生殖系统中，某些雄性仔猪的阴囊可能只有一个睾丸，另一个仍在腹腔内。这种症状被称为隐睾症。其次，某些雌性仔猪可能会只有很小的阴户和几乎没有奶头。这种疾病被称为两性猪，或雌雄同体。此外，还有一些其他缺陷病。仔猪的先天性缺陷，发生率各不相同，且受影响的猪品系通过旁系繁育，这种缺陷可逐渐消失。控制设施很简单，即注意观察并避免有出生缺陷的猪相互交配，否则这种出生缺陷又会产生。